A Clínica Psicopedagógica do Pró-Saber conta com uma equipe formada por 12 psicopedagogas e três estagiárias, além de uma diretora. Em 2019, atendeu 151 crianças de 113 escolas. A clínica é campo de estágio supervisionado da Pós-Graduação em Psicopedagogia do Pró-Saber, e faz uma ligação importante entre teoria e prática no curso. Foi fundada em 1987, e teve um papel central na criação do Instituto. A experiência no atendimento a crianças e jovens com dificuldades na escola mostrou à equipe do Centro de Estudos e Atendimento Psicopedagógicos Pró-Saber a grande defasagem que existia entre crianças e jovens que tiveram e aquelas que não tiveram acesso à Educação Infantil, e a importância de uma educação de qualidade na vida pré-escolar.